Najvýraznejším prvkom územia európskeho významu Morava (389,92 ha) je rieka Morava, ktorá významne formuje a ovplyvňuje ráz krajiny od čias ústupu mladotreťohorného mora až dodnes. Je najväčším prítokom Dunaja na našom území a tvorí prírodnú hranicu medzi Rakúskom a Slovenskom. Pramení v Kralickom Sněžníku v Českej republike v nadmorskej výške 1380 m n. m. a ústi do Dunaja pri Devíne v nadmorskej výške 136 m n. m. Celková dĺžka toku je 328,9 km, dĺžka slovenského úseku je 114 km. Územie európskeho významu je súčasťou Chráneného vtáčieho územia Záhorské Pomoravie a mokrade medzinárodného významu – Trilaterálnej ramsarskej lokality Niva na sútoku Moravy, Dyje a Dunaja, ktorá okrem Slovenska leží na území Rakúska a Českej republiky.
Územie je významné najmä kvôli výskytu stanovíšť bahnitých a piesočnatých riečnych brehov a dna a prirodzených stojatých vôd, bohatých až stredne bohatých na živiny, s vegetáciou plávajúcich alebo ponorených cievnatých rastlín.
Rieka Morava ako prítok Dunaja je unikátnym miestom, kde sa vyskytujú druhy rýb, ktoré nenájdeme v iných častiach sveta. Spomenieme napríklad hrebenačku vysokú, kolka veľkého a kolka malého. Z rieky a jej prítokov je známych celkovo 62 druhov rýb, ktoré sa rozdeľujú do skupín podľa niekoľkých podmienok. Jednou z nich je ich spôsob rozmnožovania, najmä miesto kladenia ikier. Nájdeme tu druhy kladúce ikry na povrch vodných rastlín, na štrk a kamene, piesok, do trhlín a dier a dokonca jeden druh kladúci ikry do živých lastúr škľabiek – lopatka dúhová. Medzi ďalšie druhy európskeho významu patria tiež hrúz Kesslerov, pĺž zlatistý, šabľa krivočiara a iné. V posledných rokoch vedci našli v Morave len časť z druhov, ktoré sa tu vyskytovali v minulosti. Úbytok druhov rýb je dôsledkom znečistenia vody priemyselným a mestským odpadom, zmenou prirodzených stanovíšť a reguláciou rieky.
Rieka Morava je významnou lokalitou aj pre ďalšie druhy živočíchov. Z tých „väčších“ je to napr. vydra riečna, bobor vodný alebo netopiere - podkovár malý, uchaňa čierna, netopier obyčajný a netopier pobrežný, ktoré územie využívajú ako obľúbené lovisko. „Menšie“ druhy živočíchov významné na celoeurópskej úrovni sú napr. korýtko riečne (lastúrnik) alebo vážka klinovka hadia.
Významnú skupinu živočíchov tohto územia predstavujú vtáky – orliak morský, haja tmavá a haja červená, bocian čierny a bocian biely, kačica chrapačka, kačica chripľavka a iné. Pomoravie je tiež jedinou stálou hniezdnou lokalitou husi divej na Slovensku. Je zároveň významným migračným koridorom vtákov a miestom ich odpočinku.
